1926-1980 m. Baublių kaime veikė pradinė mokykla.
1980-09-01 - atidaryta Baublių aštuonmetė mokykla. Mokyklos direktore paskirta Verutė Keblienė, kuri mokyklai vadovauja iki 2015-09-01. Įrengiami mokomieji kabinetai, tvarkoma mokyklos aplinka.
1985 m. - keičiasi mokyklos pavadinimas: Baublių nepilna vidurinė mokykla.
1987 m. - keičiasi mokyklos pavadinimas: Baublių devynmetė mokykla.
1995 m. - pasirenkama aplinkotyros kryptis.
1999 m. - įsijungiama į Europos sveikatą stiprinančių mokyklų tinklą.
2000 m. - mokykla tampa dešimtmete pagrindine mokykla. Įstojama į Lietuvos pagrindinių mokyklų asociaciją. Mokyklos bendruomenė gavo Lietuvos Respublikos prezidento Valdo Adamkaus padėką už rūpestį gimtuoju kraštu ir dalyvavimą aplinkosaugos konkurse.
2001 m. - buvusio darželio patalpose atidaroma ikimokyklinio ugdymo grupė.
2003 m. - laimėta Suomijos aplinkos ministerijos premija už gamtosaugos darbus. Įteiktas Lietuvos Respublikos ŠMM bei regioninio centro Centrinei ir Rytų Europai biuro Lietuvoje sertifikatas, patvirtinantis, kad mokykloje kuriama demokratiška, iniciatyvi bendruomenė; prijungiamas Budrių pradinio ugdymo skyrius.
2007 m. - mokyklos kiemelyje atidengtas paminklas žemaičių skulptoriui baubliškiui Rimantui Dauginčiui. Autorius buvęs mokyklos mokinys Juozas Paulauskas, Lietuvos Dailės akademijos diplomantas.
2009 m. - mokykla dalyvauja projekte „Drąsinkime ateitį“ ir apdovanota nominacija „Metų draugiškiausia“, tampa sportiškiausia mokykla rajone.
2011 m. - mokykla išrinkta ekologiškiausia mokykla respublikoje, sportiškiausia mokykla rajone tarp III grupės dalyvių.
2012 m. - Kretingos rajono geriausiai tvarkomų mokyklų aplinkos apžiūros konkurso I etapo nugalėtoja.
2012-09-01 - mokykla tampa Baublių mokykla-daugiafunkciu centru. Vykdomas Lietuvos kaimo plėtros 2007-2013 metų programos „Kaimo plėtra ir atnaujinimas“ projektas „Mokyklos patalpų remontas pritaikant bendruomenės poreikiams“.
2016 m. - atlikta mokyklos pastato renovacija.
2017-10-02 - mokyklos direktore paskirta Loreta Žiliuvienė.
2019-05-03 – pradinio ugdymo mokytoja metodininkė Renata Bumblienė paskirta laikinai vykdyti direktoriaus funkcijas.
2020-07-01 – mokyklos direktore paskirta Renata Bumblienė.
2020-09-01 – Kretingos rajono Baublių mokykla-daugiafunkcis centras nebevykdo pagrindinio ugdymo II dallies programos